日本位于亚洲东部，太平洋西北部，领土由北海道、本州、四国和九州四个大岛及其附近的3900多个岛屿组成，首都东京．日本的居民主要是大和族，通用日语．海岸线长约3万千米，沿岸多岛屿、半岛、海湾和天然良港．
【解析】
A、日本位于亚洲东部，太平洋西北部，领土由北海道、本州、四国和九州四个大岛及其附近的3900多个岛屿组成，首都东京．故A正确．
B、日本是一个多山的岛国，国土的3/4为山地丘陵．沿海平原狭窄，关东平原是日本最大的平原．故B正确．
C、日本领土由北海道、本州、四国和九州四个大岛及其附近的3900多个岛屿组成，最大的岛屿是本州岛．故C正确．
D、日本主要属温带季风气候和亚热带季风气候．四季分明，降水较多，河流多具有短小的特点．故D错误．
故选：D．
