A、根据元素的种类由 质子数决定，进行解答；
B、根据原子由原子核与核外电子构成，原子核又由质子和中子组成，所以原子不是构成物质的最小粒子，进行解答；
C、根据化学式CO，CO2，CH4 可知都含碳元素，且都是化合物，进行解答；
D、水的化学式为：H2O，由此可知水的元素构成，进行解答．
【解析】
A、根据不同种元素最本质的区别是质子数不同，元素的种类由 质子数决定，故A正确；
B、根据原子由原子核与核外电子构成，原子核又由质子和中子组成，而质子数正是区分各种不同元素的依据，所以原子不是构成物质的最小粒子，但原子是化学反应中的最小粒子；故B 错误；
C、根据CO，CO2，CH4 可知都是含碳元素的化合物，故C正确；
D、水的化学式为：H2O，由此可知水是由氢元素和氧元素组成的化合物，故D正确；
故选B．
