A、水杯煮沸后往往会形成水垢，降低水的硬度．
B、NaOH固体与NaCl固体溶于水时热量变化不同．
C、澄清石灰水、食盐水、稀盐酸三物质溶于水时溶液分别呈碱性中性酸性．
D、在化学变化中分子可以分开而原子不能．
【解析】
A、水杯煮沸后往往会形成水垢，降低水的硬度，此做法正确，故此选项错误．
B、NaOH固体与NaCl固体溶于水时热量变化不同，氢氧化钠放热，氯化钠无热量变化，故此选项错误．
C、澄清石灰水、食盐水、稀盐酸三物质溶于水时溶液分别呈碱性中性酸性，通过PH试纸可对其进行检验，故此选项错误．
D、未指明化学变化的前提下，分子可以分开而原子不能分开的说法无意义，故此选项正确．
故选D
