分子和原子不能比较大小，有的物质是由分子构成，有的物质是由原子构成，它们都能构成宏观物质，由原子直接构成的物质，保持物质化学性质的最小粒子就是原子了．
【解析】
A、分子和分子的大小不同，原子和原子的大小也不同，所以分子和原子的大小不同，不能作为它们的本质区别；
B、金属、稀有气体等都是由原子直接构成的，水、二氧化碳、氧气等都是由分子构成的，所以它们都能直接构成宏观物质；
C、分子是保持物质化学性质的最小粒子，这是对于由分子构成的物质而言的，由原子构成的物质，保持物质化学性质的最小粒子就是原子了．
D、分子在化学反应中先分成原子，原子再重新组合成新的分子，所以说在化学反应中分子可分，原子不能再分．
故选D
