分子与原子的根本区别是：在化学变化中分子可分成原子，而原子不可分．联系是：分子一定由原子构成，分子和原子都能构成物质．原子得到或失去电子可以变成离子，原子是由原子核和核外电子构成的，原子核是由质子和中子构成的．
【解析】
A、分子一定由原子构成，正确但不符合题意．故选项错误；
B、分子与原子的根本区别是：在化学变化中分子可分成原子，而原子不可分，符合题意．故选项正确；
C、原子失去电子形成阳离子，得到电子形成阴离子，正确但不符合题意．故选项错误；
D、原子是由原子核和核外电子构成的，原子核是由质子和中子构成的，正确但不符合题意．故选项错误；
故选B
