A、空气是混合物，有多种物质组成，所以它是由多种物质的分子组成，像氧分子、氮分子等；
B、气体可以压缩是因为分子间有间隔，并不是压缩就能改变分子的大小；
C、原子是由原子核和核外电子构成，原子核是由质子和中子构成；因而原子核不是由质子、中子和电子构成．
D、分子是由原子构成的，这是分子与原子的联系．
【解析】
A、空气是混合物，有多种物质组成，所以它是由多种物质的分子组成，像氧分子、氮分子等，因而空气不是由空气分子组成；故A错误
B、气体可以压缩是因为分子间有间隔，并不是压缩就能改变分子的大小；故B错误．
C、原子是由原子核和核外电子构成，原子核是由质子和中子构成，因而原子核不是由质子、中子和电子构成；故C错误．
D、分子是由原子构成的，这是分子与原子的联系．故D正确
故选D
