根据当质子数=核外电子数,为原子;当质子数>核外电子数,为阳离子;当质子数<核外电子数,为阴离子;决定元素的种类是核电荷数(即质子数),同种元素的粒子核电荷数(即质子数)相同;据此进行分析解答.
【解析】
A、质子数=核外电子数=10,为原子,质子数=11>核外电子数=10,为阳离子,故A错误;
B、质子数=17<核外电子数=18,为阴离子,质子数=核外电子数=18,为原子,故B错误;
C、质子数=9<核外电子数=10,为氟离子,质子数=12>核外电子数=10,为镁离子,不属于同种原子,故C错误;
D、质子数都为13,属于同种元素,故D正确.
故选:D.