根据元素是质子数（即核电荷数）相同的一类原子的总称，决定元素种类的是质子数（即核电荷数），据此进行分析解答．
【解析】
元素是质子数（即核电荷数）相同的一类原子的总称，不同种元素最本质的区别是质子数（即核电荷数）不同，所以氢元素和氧元素的本质区别是质子数（即核电荷数）不同．
A、决定元素的种类的是质子数（即核电荷数），氢元素和氧元素的本质区别是质子数（即核电荷数）不同，不是中子数不同，故选项错误．
B、决定元素的种类的是质子数（即核电荷数），氢元素和氧元素的本质区别是质子数（即核电荷数）不同，故选项正确．
C、决定元素的种类的是质子数（即核电荷数），氢元素和氧元素的本质区别是质子数（即核电荷数）不同，不是核外电子数不同，故选项错误．
D、决定元素的种类的是质子数（即核电荷数），氢元素和氧元素的本质区别是质子数（即核电荷数）不同，不是最外层电子数不同，故选项错误．
故选B．
