A、应说明“在化学变化中”，因为在其他变化中，原子可分；
B、分子、原子、离子都可以直接构成物质；
C、蔗糖溶于水是由于蔗糖分子和水分子，相互进入对方的分子间隔去了；
D、钠原子的质子数等于钠离子的质子数，改变的只是电子数．
【解析】
A、原子是最小的粒子，不可再分，说法不严谨，应说明“在化学变化中”，故A错误；
B、分子、原子、离子都可以直接构成物质，说法正确，故B正确；
C、蔗糖溶于水是由于蔗糖分子变成了水分子，分子不变，说法错误，故C错误；
D、钠原子的质子数大于钠离子的质子数，同种元素的微粒的质子数不变，所以说法错误，故D错误．
故选B．
