由我们所学的知识可以知道：（1）生物细胞利用氧将植物体内的有机物分解产生二氧化碳和水，并且将储存在有机物中的能量释放出来，为生命活动提供动力，这个过程叫呼吸作用，呼吸作用在生物体的线粒体中进行的．
（2）呼吸作用的公式：有机物+氧→二氧化碳+水+能量，呼吸作用是生物的共同特征，据此可以解答本题．
【解析】
物细胞利用氧将植物体内的有机物分解产生二氧化碳和水，并且将储存在有机物中的能量释放出来，为生命活动提供动力，这个过程叫呼吸作用，呼吸作用在生物体的线粒体中进行的．
A、植物进行呼吸作用消耗氧释放出二氧化碳，不符合题意．
B、种子萌发进行呼吸消耗氧释放出二氧化碳，不符合题意．
C、植物的根呼吸的是空气中的氧气．而农田水淹后，土壤中的氧气过少，根毛无法呼吸；及时排涝，是为了促进根的呼吸．不符合题意．
D、傍晚的树林中氧气含量较多，是植物进行光合作用的结果．符合题意．
故选：D
