生物进化的证据有化石证据、比较解剖学上的证据、胚胎学上的证据，化石是指保存在岩层中的古生物遗物和生活遗迹；比较解剖学是对各类脊椎动物的器官和系统进行解剖和比较研究的科学，生物进化在比较解剖学上最重要的证据是同源器官；胚胎学是研究动植物的胚胎形成和发育过程的科学，也为生物进化论提供了很重要的证据，如脊椎动物和人的胚胎早期都有鳃裂和尾．
【解析】
A、在研究生物进化的过程中，化石是最重要的、比较全面的证据；此外还有比较解剖学上的证据、胚胎学上的证据．故不符合题意；
B、始祖鸟既具有鸟类的特点前肢特化为翼，有具有爬行动物的特点，翼的末端有爪，因此始祖鸟化石说明了鸟类是由古代的爬行动物进化来的等．故不符合题意；
C、地球上的各种生物，都是经过漫长的年代逐渐进化而来的．在研究生物的进化的过程中，化石是重要的证据，科学家们发现，在最古老的地层中没有化石，证明在地球形成的最初是没有生命的．越古老的地层中，形成化石的生物越简单、低等、水生生物较多．越晚近的地层中，形成化石的生物越复杂、高等、陆生生物较多，因此证明地球形成的最初是没有生命的，经历了从无生命到有生命的过程，生物进化的总体趋势是：从简单到复杂，从低等到高等，从水生到陆生．故符合题意；
D、化石是保存在地层中的古代生物的遗体、遗物或生活痕迹．研究发现，不同的地层中埋藏着不同类型的生物化石：越是古老的地层中发掘的生物化石结构越简单、低等，水生生物的化石越多；越是晚期的地层中发掘的生物化石结构越复杂、高等，陆生生物化石越多．这说明生物进化的趋势是：从简单到复杂，由低等到高等，从水生到陆生．所以化石记录显示，在越晚形成的地层里形成化石的生物越复杂、高等，陆生的越多，但是也有简单的、低等的、水生生物．故不符合题意．
故选：C．
