威胁生物多样性的原因有：栖息地的丧失、人类的滥捕乱杀和外来物种的入侵．其中主要的是栖息地的丧失．
【解析】
A、物种退化，会使生物适应环境的能力不再增强，不会引起生物栖息地的丧失，不会造成野生动植物濒危和灭绝，故不合题意．
B、食物链中弱肉强食，是生物间的一种相互选择，会使它们的适应能力越来越强，不会引起生物栖息地的丧失，不会造成野生动植物濒危和灭绝，故不合题意．
C、人类对野生动植物资源的合理的开发和利用，会实现生物资源的可持续发展，即使是不合理的开发和利用，只会引起生物种类和数量的减少，也不会引起生物栖息地的丧失，不会造成野生动植物濒危和灭绝，故不合题意．
D、人类对野生动植物的过度狩猎或采伐，对栖息地环境的污染和改变，会造成生物栖息地的缩小和丧失，是造成野生动植物濒危和灭绝的主要原因，故符合题意．
故选：D．
