此题考查的是植物的无性生殖，可根据无性生殖的定义解答此题．
【解析】
不需要两性生殖细胞的结合，由母体直接产生新个体，这种生殖方式叫无性生殖，营养繁殖是最常见的一种无性生殖方式；经过精子与卵细胞两性生殖细胞的结合的生殖方式叫有性生殖．
①青霉的孢子繁殖是无性生殖，因为孢子的特点是能直接长成新个体；②水稻的种子繁殖是有性繁殖； ③有些生物在适当环境下，会由体侧凸出向外形成一个球形芽体，这个芽体的养份全由母体供应，待成熟后由母体相接处形成新的体壁，再与母体分离成为独立的新个体，此现象称为出芽生殖，因此水螅的出芽繁殖是无性繁殖；④变形虫的分裂繁殖也是无性繁殖，没有经过两性细胞的结合而是由母体直接产生新个体；⑤哺乳动物的胎生繁殖是有性生殖，因为要经过精子与卵细胞结合才产生新个体；⑥洋葱的鳞茎繁殖是无性繁殖，是用它的营养器官产生的新个体，没有经过两性细胞的结合．综合上述解析，①③④⑥符合题意．
故选：D
