此题考查的是细菌、真菌在自然界中的作用以及与人类生活的关系，大部分细菌是有益的，有的细菌是有害的，据此答题．
【解析】
A、在豆科植物的根瘤中，有能够固氮的根瘤菌与植物共生，根瘤菌将空气中的氮转化为植物能够吸收的含氮物质，从而使得植物生长良好，而植物则为根瘤菌提供有机物，它们互惠互利，共同生活．甲烷菌能分解污水中的有机物，产生甲烷，甲烷是一种清洁的能源，还起到净化污水的作用，不符合题意．
B、有些细菌等微生物的发酵在食品的制作中有重要作用，如制醋要用到醋酸杆菌、制泡菜和酸奶要用到乳酸杆菌．不符合题意．
C、软腐病细菌能引起白菜等多种蔬菜发生软腐病，肺炎双球菌能使人患肺炎，可见都是有害菌．符合题意．
D、大肠杆菌是人和许多动物肠道中最主要且数量最多的一种细菌，一般不致病，但一些特殊血清型的大肠杆菌对人和动物有病原性，尤其对婴儿和幼畜（禽），常引起严重腹泻和败血症．人们在大肠杆菌中转入合成胰岛素的基因，可以生产人们需要的胰岛素，这是对其的利用方面．金色葡萄球菌是人类的一种重要病原菌，隶属于葡萄球菌属，可引起多种严重感染，有“嗜肉菌“的别称．
故选：C
