动物的分类除了比较动物的外部形态结构，还要比较动物的内部构造和生理功能，根据动物体内有无脊柱可以把动物分为脊椎动物和无脊椎动物，脊椎动物的体内有脊椎骨构成的脊柱，无脊椎动物的体内没有脊柱．
【解析】
A、鲨鱼、娃娃鱼的体内有脊柱，属于脊椎动物，其中鲨鱼属于鱼类，娃娃鱼属于两栖类，不符合题意．
B、鱿鱼、鲍鱼的体内都无脊柱，都属于无脊椎动物中的软体动物，符合题意．
C、鲸鱼、鳄鱼的体内都有脊柱，都属于脊椎动物，其中鲸鱼属于哺乳类，鳄鱼属于爬行类，不符合题意．
D、甲鱼、中华鲟的体内都有脊柱，都属于脊椎动物，其中甲鱼属于爬行类，中华鲟属于鱼类．不符合题意．
故选：B
