化石是指保存在岩层中地质历史时期的古生物遗物和生活遗迹．在漫长的地质年代里，地球上曾经生活过无数的生物，这些生物死亡后的遗体或是生活时遗留下来的痕迹，许多被当时的泥沙掩埋起来．在随后的岁月中，这些生物遗体中的有机物质分解殆尽，坚硬的部分如外壳、骨骼、枝叶等与包围在周围的沉积物一起经过石化变成了石头，但是他们原来的形态、结构（甚至一些细微的内部构造）依然保留着．同样哪些生物生活时留下来的痕迹也可以这样保留下来，我们把这些石化的生物遗体、遗迹就称为化石．
【解析】
大多数化石是由生物体的坚硬部分形成的，如植物茎的化石，动物的牙齿、骨骼、贝壳等的化石，有些化石则是生物体的印痕所形成的，如树叶的印痕化石，因此所有的化石都是生物的遗体、遗物（如卵、粪便等）或生活痕迹（如动物的脚印、爬迹等），由于某种原因被埋藏在地层中，经过若干万年的复杂变化而逐渐形成的；因此化石是指经过自然界的作用保存在地层中的古生物的遗体、遗物、遗迹．
故选D
