生物进化的证据有化石证据、比较解剖学上的证据、胚胎学上的证据等，据此作答．
【解析】
化石是由古代生物的遗体、遗物或生活痕迹等，由于某种原因被埋藏在地层中，经过漫长的年代和复杂的变化而形成的．化石在地层中出现的先后顺序，说明了生物是由简单到复杂、由低等到高等、由水生到陆生逐渐进化而来的，它是生物进化最直接、最有力的证据；比较解剖学上的同源器官只是证明了具有同源器官的生物具有共同的原始祖先；胚胎学上的证据（如鳃裂）只是说明了古代脊椎动物的原始祖先都生活在水中；分子生物学上的证据是指构成生物的大分子生物，它们相似和差异的程度，可以反映生物之间的亲缘关系；细胞学揭示了生物界具有共同的结构基础，反映生物具有共同的原始祖先．这些证据（包括分类学、遗传学上的证据）的证明面都比较窄．因此生物进化最直接、最主要的证据是化石．可见D符合题意．
故选：D
