化石是生物的遗体、遗物（如卵、粪便等）或生活痕迹（如动物的脚印、爬迹等），由于某种原因被埋藏在地层中，经过若干万年的复杂变化而逐渐形成的．
【解析】
化石是研究生物进化的重要的直接的证据，通过对化石在地层中出现的顺序的研究，能够比较直观地了解生物进化的大致历程和规律；化石在地层中出现的顺序，是人们研究生物进化的一个重要的方面，不同生物化石的出现和地层的形成，有着平行的关系这说明现在的各种生物是由原始生命经过漫长的地质年代变化而来的，而不是一次在地球上出现的；始祖鸟化石的身体结构既和爬行动物有相似之处，又和鸟类有相同之处，根据以上特征，科学家认为始祖鸟是由爬行类进化到鸟类的一个过渡类型，说明了鸟类和爬行类之间具有亲缘关系；在越古老的地层中，挖掘出的化石所代表的生物，结构越简单，分类地位越低等，水生生物的化石也越多，在距今越近的地层中，挖掘出的化石所代表的生物，结构越复杂，分类地位越高等，陆生生物的化石也越多．这种现象说明了生物是由简单到复杂、由低等到高等、由水生到陆生逐渐进化而来的．
故选：D
