Question

生物进化的证据越来越确凿．其中，    为生物进化提供了直接的证据；此外，科学家通过    、    等方法也找到了关于生物进化的证据．

Answer

化石都是生物的遗体、遗物（如卵、粪便等）或生活痕迹（如动物的脚印、爬迹等），由于某种原因被埋藏在地层中，经过若干万年的复杂变化而逐渐形成的；胚胎学是研究动植物的胚胎形成和发育过程的科学，为生物进化论也提供了重要的证据，如脊椎动物和人的胚胎发育早期都有鳃裂和尾；比较解剖学是对各类脊椎动物的器官和系统进行解剖和比较研究的科学，生物进化在比较解剖学上最重要的证据是同源器官．
【解析】
生物进化的证据很多，其中最直接的证据是化石，化石在地层中的出现顺序，说明了生物是由简单到复杂、由低等到高等、由水生到陆生逐渐进化而来的；比较解剖学和胚胎学也为生物进化论提供了证据．
故答案为：化石；比较解剖学；胚胎学