生态系统指的是在一定地域内，生物与环境构成的一个统一的整体，据此答题．
【解析】
生态系统是指在一定地域内，生物与环境所形成的统一整体．它由非生物部分和生物部分组成．非生物部分包括阳光、空气、水、土壤等．生物部分包括生产者---植物，消费者---动物，分解者---腐生细菌、真菌．最基本最关键的生物成分是生产者，各成分之间相互联系、相互依存生物与环境是不可分割的整体，生态系统包括此生态系统内的所有生物以及生物生存的环境，只有生物或只有环境都不叫一个生态系统．
A、微山湖中的水，只有环境，不能构成生态系统．不符合题意．
B、只有植物，没有动物、细菌真菌等生物，也没有环境，也不能构成生态系统．不符合题意．
C、只包括了生物部分的部分动物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．
D、微山湖既包括了所在的环境，又包括了此环境中所有的生物，符合生态系统的概念，符合题意．
故选：D
