此题主要考查的是植物和动物的结构层次，据此作答．
【解析】
A、除病毒以外，细胞是生物体结构和功能的基本单位，番茄和牛分别是植物和动物，它们都是由细胞构成的，不符合题意．
B、番茄是植物，其结构层次由小到大依次是：细胞→组织→器官→绿色开花植物体，牛属于动物，结构层次由小到大依次是细胞→组织→器官→系统→人体．符合题意．
C、一株番茄和一头牛都属于有性生殖的生物，生殖过程中有精子和卵细胞结合成受精卵的过程，它们的生命都起始于一个受精卵．不符合题意．
D、器官是由不同的组织按照一定的次序结合在一起构成的．番茄的果实、牛的心脏都分别由不同的组织构成，都属于器官．不符合题意．
故选：B
