回答此题的关键是要明确玉米种子和菜豆种子的结构及各部分的功能．
【解析】
大豆种子的结构包括种皮和胚．胚包括胚根、胚芽、胚轴和子叶．种皮起保护作用，胚芽将来发育成茎和叶，胚根将来发育成根，胚轴将来发育成连接根和茎的部位，子叶肥厚，贮存营养物质．
玉米种子的结构包括果皮和种皮、胚乳和胚．胚包括胚根、胚芽、胚轴和子叶．果皮和种皮起保护作用，胚乳贮存营养物质，胚芽将来发育成茎和叶，胚根将来发育成根，胚轴将来发育成连接根和茎的部位，子叶起转运营养物质的作用．
玉米种子和菜豆种子的不同点是：①玉米种子子叶一片，菜豆种子子叶两片；②玉米种子有胚乳，菜豆种子没有；③玉米种子的营养储存在胚乳中，菜豆种子的营养物质储存在子叶中．
故选：D
