在一定区域内生物和它所生活的环境就形成一个生态系统．它包括生物部分和非生物部分．生物部分包括植物、动物、细菌真菌等微生物，非生物部分包括阳光、空气、水、土壤、温度等，只有生物不叫生态系统，只有环境也不叫生态系统．据此可以解答本题．
【解析】
A、B、森林中的小鸟、池塘中的鱼，都只包括了生物部分的部分动物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．
C、面包上的霉菌，只包括了生物部分的部分微生物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．
D、一块农田，既包括了这农田所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，符合题意．
故选：D
