在一定区域内生物和它所生活的环境所形成的统一的整体就形成一个生态系统．它包括生物部分和非生物部分．生物部分包括植物、动物、细菌真菌等微生物，非生物部分包括阳光、空气、水、土壤、温度等，只有生物不叫生态系统，只有环境也不叫生态系统．据此可以解答本题．
【解析】
A、一棵树，只是生物部分的植物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．
B、一块农田，既包括了农田所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，符合题意．
C、草丛中的一条蛇，只是生物部分的动物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．
D、一个湖泊中的所有鱼，只是生物部分的动物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．
故选：B
