裸子植物与被子植物的主要区别就是种子外有无果皮包被着，据此作答．
【解析】
裸子植物的胚珠外面无子房壁发育成果皮，种子裸露，仅仅被一鳞片覆盖起来，因此裸子植物只有种子，无果实．裸子植物也无花，只有孢子叶球，孢子叶球还不能看作真正的花，其形态结构上与被子植物的花是不同的，只是有些裸子植物的孢子叶球（球花）相当于被子植物的花的功能，因此裸子植物具有根、茎、叶、种子四种器官；而被子植物的种子外有果皮包被着，具有根茎叶花果实和种子六大器官．可见裸子植物区别于被子植物的主要特点是种子外无果皮包被．
A、只要是绿色植物都能进行光合作用，如绿色的藻类植物、裸子植物等，不符合题意．
B、菠菜的种子外有果皮包被着，属于被子植物，其他种类的植物都没有果皮，故符合题意．
C、蕨类植物、裸子植物、被子植物都有根、茎、叶的分化，不符合题意．
D、只要是绿色植物都能进行光合作用，自己制造有机物，都是自养，不符合题意．
故选B．
