作BF⊥CD交CD的延长线于点F,据条件可证得∠ABE=∠CBF,且由已知∠AEB=∠CFB=90°,AB=BC,所以△ABE≌△CBF,可得BE=BF;四边形ABCD的面积等于新正方形FBED的面积(需证明是正方形),即可得BE=3.
【解析】
过B作BF垂直DC的延长线于点F,∵∠ABC=∠CDA=90°,BF⊥CD,
∴∠ABE+∠EBC=∠CBF+∠EBC,∴∠ABE=∠CBF;
又∵BE⊥AD,BF⊥DF,且AB=BC,
∴△ABE≌△CBF,即BE=BF;
∵BE⊥AD,∠CDA=90°,BE=BF,
∴四边形BEDF为正方形;
由以上得四边形ABCD的面积等于正方形BEDF的面积,即等于9,
∴BE2=9,即BE=3.
故选B.